Kluczowym aspektem inicjacji jest wprowadzenie ucznia w najważniejsze elementy symboliki mandali, a zwłaszcza jej głównych bóstw. Wszystkie one znajdują się w części mandali nazywanej „pałacem umysłu”.
Pełna mandala Kalaczakry składa się z trzech głównych części, czyli pałaców ciała, mowy i umysłu. Pałac ciała jest największy i stanowi najniższy poziom trójwymiarowej struktury. W jego środku mieści się fundament pałacu mowy. Dach pałacu ciała okala jedynie krawędzie ścian; pośrodku znajduje się duży, otwarty kwadrat. Fundament pałacu mowy sięga dachu pałacu ciała, innymi słowy, podłoga pałacu mowy znajduje się na wysokości dachu pałacu ciała.
Na tej samej zasadzie, pałac mowy mieści fundament wznoszącego się na nim pałacu umysłu. Ściany, wrota itd. pałacu mowy są dwa razy mniejsze od ścian, wrót itd. pałacu ciała – i dwa razy większe od wymiarów pałacu umysłu.
W pałacu umysłu, wreszcie, znajduje się fundament „Koła Wielkiej Szczęśliwości”, w którym stoi Kalaczakra. Nie ma ono ścian, tylko filary podtrzymujące dach. Kolejny rząd filarów wieńczy dach, wznoszący się bezpośrednio nad centralnym lotosem Kalaczakry.
W dwuwymiarowym planie mandali pałac mowy znajduje się wewnątrz pałacu ciała i jest od niego dwa razy mniejszy. Jego środek zajmuje pałac umysłu, w którego centrum kreśli się Koło Wielkiej Szczęśliwości. Na powyższym diagramie ściany pałacu mowy i wszystko, co się w nich zawiera, zaznaczono kolorem czerwonym.
Na dwóch kolejnych trójwymiarowych obrazach widzimy zbliżenie pałacu umysłu i jego „przekrój”, ukazujący lotosy, na których wizualizuje się różne bóstwa. Podczas inicjacji uczeń dowiaduje się, że owe bóstwa z pałacu umysłu odpowiadają określonym, oczyszczonym aspektom jego własnego doświadczenia.

Na ilustracjach bóstwa zastępują sylaby. Monogram Kalaczakry „o dziesięciu mocach” stoi na środku podłogi Koła Wielkiej Szczęśliwości – tuż nad centrum obrazu, za jedną z białych waz. Kalaczakra – w zjednoczeniu ze swą partnerką Wiśwamatą – stoi pośrodku ośmiopłatkowego kwiatu lotosu w kole ośmiu stojących na owych płatkach Śakti.
W otaczającym centralny lotos Kole Wielkiej Szczęśliwości, między dwoma rzędami filarów, znajduje się osiem lotosów oraz osiem rozdzielających je waz. Na czterech lotosach zasiadają buddowie, twarzą do Kalaczakry, ze swoimi partnerkami, na czterech pozostałych – ich partnerki, tym razem one twarzą do Kalaczakry, ze swoimi buddami. W inicjacji pojawia się również budda piąty, Akszobhja, i jego partnerka, ale nie są oni przedstawieni w tym pałacu. Akszobhja i Wadżrasattwa, który także odgrywa role w inicjacji, uchodzą za aspekty Kalaczakry.
Nieco niżej, wokół bazy fundamentu Koła Wielkiej Szczęśliwości w pałacu umysłu, znajduje się biały podest z dwunastoma lotosami, na których zasiada, w takim samym porządku, sześć par bodhisattwów.
Ostatnia grupa – to pięć bóstw gniewnych ze swoimi partnerkami. Nie są one rozmieszczone tak regularnie i w pełnej, trojakiej mandali część z nich znajduje się poza pałacem umysłu. Cztery główne są jednak w pałacu – na lotosach w jego wrotach (jeden z nich widać na „przekroju”, tuż przed białym podestem bóstw).

Grupy owych bóstw wyobrażają – w kolejności, w jakiej pojawiają się w inicjacji – następujące, oczyszczone aspekty doświadczenie:
  Woda – pięć partnerek buddów – pięć elementów (wiatr, woda itd.);
  Korona – pięciu buddów – pięć skandh (forma, odczucia itd.);
  Jedwabna szarfa – dziesięć Śakti – dziesięć wiatrów;
  Wadżra i dzwonek – Kalaczakra i Wiśwamata – prawy i lewy kanał;
  Postępowanie – sześciu bodhisattwów z partnerami – sześć zmysłów i ich obiekty;
  Imię – dziesięć męskich i żeńskich gniewnych – dziesięć organów i aktywności;
  Zezwolenie – Wadżrasattwa z partnerką – element i skandha świadomości.