Nauki dotyczące podstawy opisują zasadniczo zwyczajny stan, w którym znajdują się istoty. Buddyzm głosi, że podstawową cechą tego stanu jest cierpienie, a zatem nauki dotyczące podstawy obejmują buddyjską teorię wyjaśniającą dlaczego cierpienie istnieje, jak ten stan się utrzymuje oraz, oczywiście, w jaki sposób w tym stanie obecny jest potencjał do przezwyciężenia przyczyn cierpienia i osiągnięcia oświecenia.

Nauki dotyczące ścieżki to opis praktyk koniecznych do usunięcia przyczyn cierpienia i osiągnięcia oświecenia. Nauki dotyczące owocu – zdaniem niektórych tłumaczy lepszym terminem byłby tu “cel” – opisują oświecenie, tj. stan, gdy przyczyny cierpienia zostały całkowicie usunięte.

Podział treści systemu Kalaczakry na nauki dotyczące podstawy, ścieżki i owocu, oraz podział na nauki o tym, co wewnętrzne, zewnętrzne i inne, odpowiada różnym rozdziałom Tantry Kalaczakry. Innymi słowy, system Kalaczakry wyjaśniony jest w uporządkowany sposób w strukturze tej tantry.

Tantra Kalaczakry podzielona jest na pięć rozdziałów. Pierwszy zajmuje się tzw. Kalaczakrą zewnętrzną, tj. fizycznym światem, w szczególności systemem kalkulacji kalendarza. W rozdziale tym jest również opisana podstawowa symbolika systemu Kalaczakry oraz maszyny – od katapult i urządzeń irygacyjnych po karuzele używane podczas święta wiosny.

Drugi rozdział dotyczy tzw. Kalaczakry wewnętrznej. Zajmuje się on ludzką fizjologią, procesami rozwoju płodu w okresie ciąży oraz narodzinami, klasyfikacją cielesnych funkcji i doznań, jak również tzw. wadżra-kają – tj. opisuje fizyczne ludzkie istnienie w kategoriach kanałów, wiatrów energii, kropel itd. W szczególności dokonuje się podziału ludzkiej egzystencji na cztery stany: czuwania, snu, głębokiego snu oraz tzw. czwartego stanu, który odnosi się głównie do seksualnej ekstazy. Rozdział ten opisuje zarówno potencjały (krople) zapoczątkowujące te stany, jak i z procesy, które z nich wynikają. Te pierwsze dwa rozdziały, opisujące stan ludzkiej egzystencji taką, jaka jest, zawierają nauki dotyczące tak zwanej Kalaczakry podstawy.

Następne trzy opisują to, co inne, oraz nauki dotyczące ścieżki i rezultatu. Pod pojęciem "inny" rozumie się tutaj medytacje fazy stwarzania i fazy doskonałości związane z tantryczną formą Buddy, zwaną Kalaczakrą. Praktyki te prowadzą do oczyszczenia zarówno tego, co zewnętrzne jak i tego, co wewnętrzne. Trzeci rozdział zajmuje się inicjacjami, tj. przygotowaniami do praktyk medytacyjnych systemu Kalaczakry. W Kalaczakrze istnieją dwa główne typy inicjacji. Pierwszy z nich to przygotowanie do fazy stwarzania. Ten rodzaj inicjacji jest znany jako Siedem Inicjacji Rozwoju Dziecka. Sens tej nazwy jest taki, że w fazie tej oczyszcza się proces życia od momentu poczęcia aż po etap dojrzewania. Podczas inicjacji nauczyciel wprowadza ucznia w ten proces, wiodąc go od poczęcia, poprzez rozwój płodowy, narodziny, naukę mówienia i tak dalej, aż do dojrzałości. Ten pierwszy rodzaj inicjacji wymaga użycia mandali Kalaczakry usypywanej z piasku, której opis również zawarty jest w trzecim rozdziale tantry.

Drugi rodzaj inicjacji to tzw. “Wyższe Inicjacje”, które symbolicznie oczyszczają proces życia po osiągnięciu dojrzałości. Przygotowują one adepta zwłaszcza do fazy doskonałości, znanego jako Sześć Jog. Czwarty rozdział wyjaśnia praktyki medytacyjne jako takie: zarówno kontemplację mandali i bóstwa Kalaczakry w fazie stwarzania, jak i fazę doskonałości (Sześć Jog). Zatem rozdziały trzeci i czwarty zawierają nauki dotyczące ścieżki Kalaczakry. Ostatni, piąty rozdział opisuje stan oświecenia, który jest efektem praktykowania tej ścieżki, czyli opisuje owoc praktyki Kalaczakry.