Założycielem klasztoru Bencien był czwarty Sangje Njenpa Rinpocze. Pierwsi trzej Sangje Njenpowie żyli w klasztorze Dziangciub Ciekhor Ling, w okręgu Dege we wschodnim Tybecie, w miejscowości Denob Khoga. Czwarty Sangje Njenpa Rinpocze, Gelek Gjantse, zerwał z tą tradycją i większość swej młodości spędził w Surmang, wielkim klasztorze Trungpy Tulku. Gdy był już dorosły, opuścił tę okolicę i przeniósł się do pobliskiego okręgu Ga. Bardzo mu się tam spodobało i pomyślał, że byłoby to właściwe miejsce na założenie klasztoru, o ile pojawią się pomyślne znaki.

I tak pewnego dnia, gdy Njenpa Rinpocze zatrzymał się przy wielkim głazie, nadleciał ogromny kruk i usiadłszy na skale zaczął głośno krakać. Gelek Gjantse zbliżył się, by mu się przyjrzeć i nagle dostrzegł, że kruk wypuścił z dzioba małą turkusową figurkę i tańczy wokół niej. Okazało się, że jest to posążek strażnika Dharmy Dordże Bernagciena. Njenpa Rinpocze zrozumiał, że kruk ten musi być emanacją Mahakali. Był to wyjątkowo pomyślny omen i Gelek Gjantse nabrał przekonania, że właśnie tu powinien wybudować klasztor. Zatrzymał tę małą figurkę, by w przyszłości ustawić ją na klasztornym ołtarzu.

Następnie udał się do zwierzchnika tego okręgu, zwanego Radha Phuntsok, przedstawił swą historię i poprosił o darowanie mu ziemi pod budowę klasztoru. Radha Phuntsok był do głębi przejęty i wzruszony. Oddał do dyspozycji Njenpy Rinpoczego potrzebny teren obejmujący nawet jego rodzinne domostwo - wielki czarny namiot. Obiecał też wspomagać zamierzenie w każdy możliwy sposób.

Ale gdy tylko zaczęto prace, pojawiły się liczne, gwałtowne burze, gradobicia i inne niezwykłe zjawiska hamujące postęp robót. Gelek Gjantse domyślił się, że może to być spowodowane niezadowoleniem bóstwa opiekuńczego rodziny Radha. Wyjawił swe problemy Radha Phuntsokowi i dowiedział się, że strażnikiem tej rodziny jest Szing Kjong. Njenpa Rinpocze postanowił zatem zbudować ołtarz Szing Kjongowi i poświęcić się medytacji na niego. Gdy tylko to uczynił, prace przy budowie klasztoru bez trudu dobiegły końca. Szing Kjong zaś do dziś jest szczególnym strażnikiem nauk Sangje Njenpy i klasztoru Bencien.

Radha Phuntsok został wybitnym praktykującym i w swoich kolejnych inkarnacjach związany był ściśle z klasztorem Bencien. Zazwyczaj nie był mnichem. Czasem spędzał życie jako jogin, medytując w górskich samotniach, czasem jako ngakpa - świecki adept mantrajany. W obecnej inkarnacji znany jest jako Radha Czime Rinpocze i mieszka od lat w Londynie. Innym wielkim Lamą tego klasztoru był Czime Rinpocze, który nigdy nie opuścił Tybetu i zmarł pod koniec lat osiemdziesiątych w Bencien.

Klasztor Bencien w Tybecie był przez lata główną siedzibą kolejnych inkarnacji Sangje Njenpy Rinpoczego i Tengi Rinpoczego , aż do czasów IX Sangje Njenpy, Tenpai Njima. Jeszcze na kilka miesięcy przed inwazją chińską w 1959 roku nic nie wskazywało na to, co miało się wkrótce wydarzyć. Wielu mnichów z klasztoru wybierało się nawet w podróż do Pekinu i napawało ich to wielką radością. Wszyscy prosili Sangje Njenpę, aby pojechał z nimi. Rinpocze rozważał taką możliwość. Ale pewnej nocy przyśnił mu się czarny człowiek o turkusowych włosach, który wszedł do pokoju i powiedział: "Teraz musisz stąd uciekać. Jeśli natychmiast tego nie zrobisz, spójrz, co się stanie!", po czym położył na stole przed Rinpoczem świeżo ściętą głowę antylopy. Następnie odwrócił się i wyszedł. Njenpa Rinpocze był świadomy tego, że śni. Po kolorze skóry i włosów rozpoznał, że przyśnioną postacią był sam Szing Kjong, który przyszedł go ostrzec. Zabrał więc najcenniejsze relikwie oraz teksty i w towarzystwie Tengi Rinpoczego oraz Radha Czime Rinpoczego udał się do Tsurphu, do J.Ś. XVI Gjalłanga Karmapy . W siedem miesięcy później wojska chińskie zrównały klasztor z ziemią.

Wkrótce obaj Rinpoczowie wraz z J.Ś. Karmapą musieli opuścić Tybet i znaleźli się w Sikkimie. Tam, na terenie podarowanym przez buddyjskiego króla Sikkimu, Jego Świątobliwość w 1964 roku rozpoczął budowę klasztoru Rumtek, głównej siedziby Karmapy poza Tybetem. Niedługo potem zmarł Sangje Njenpa Rinpocze. Jego obecną inkarnację odnaleziono w Bhutanie, według instrukcji Karmapy, i sprowadzono do Rumteku.

W latach dziewięćdziesiątych Njenpa Rinpocze wraz z Tengą Rinpoczem podjęli decyzję, by odbudować główną świątynię klasztoru Bencien w Tybecie.
Wcześniej, w 1980 r. poprzedni Czime Rinpocze, ten, który nigdy nie opuścił Tybetu, doprowadził do odbudowy mniejszej świątyni klasztornej. Rekonstrukcja głównego lhakangu, pod kierunkiem Njenpy Rinpoczego, rozpoczęła się w 1996 roku, a zakończyła w 2002 r. Nie tylko odtworzono sam budynek, ale skompletowano jego wyposażenie: główne posągi, tysiąc posągów Buddy, tanki i teksty. Inauguracja świątyni miała miejsce 5 sierpnia 2002 r., uczestniczyło w niej 42 Rinpoczów zarówno z Kagju, jak i z innych szkół buddyzmu tybetańskiego, a także dwa tysiące sześciuset mnichów i ponad sześćdziesiąt tysięcy ludzi świeckich. Przygotowania rozpoczęto kilka dni wcześniej, między innymi wykonywana była intensywna praktyka Gjalła Gjamtso (Czerwonego Czenrezika). Na samo otwarcie zaproszono też przedstawicieli lokalnych władz z Biura do Spraw Religii. Ceremonii przecięcia wstęgi towarzyszyła recytacja modlitw o pomyślność. Następnie zaproszeni goście weszli do świątyni. Mistrz ceremonii zaintonował modlitwy, w trakcie których serwowano herbatę i ryż z szafranem. Potem nastąpiły oficjalne przemówienia, zaś na zakończenie odbyła się wielka pudża ofiarna Guru Rinpoczego, zwana Kynciok Cidy, połączona z abhiszeką (inicjacją) długiego życia, której Njenpa Rinpocze udzielił wszystkim uczestnikom.